Молодой Урданета находился в составе первой испанской экспедиции, прошедшей
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. Командовал ею архиепископ Гарсия де Лоайса, а целью была колонизация островов Пряностей. Немногие испанцы, добравшиеся до
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], были взяты в плен португальцами. Их возвращение в Европу (в 1528 г.) можно рассматривать как второе кругосветное путешествие в истории.
Истощённый передрягами, Урданета постригся в монахи и занялся обустройством обители августинцев в Новой Испании. Когда тридцать лет спустя (в 1559 г.) король Филипп II направил
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] на освоение
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться], Урданете было поручено провести его в те воды, поскольку он славился своими познаниями в искусстве мореплавания. Урданета с собой взял ещё четырёх товарищей монахов: Андреса де Агирре, Диего де Эррера, астролога Мартина де Эррада и Педро де Гамбоа.
До него пять экспедиций к берегам Филиппин потерпели неудачу, так как вопреки течению пытались держать путь прямо на запад. Добраться же до Филиппин со стороны Азии испанцы не могли до тех пор, пока те воды считались владением португальской короны.
В апреле 1565 года Урданета достиг филиппинского острова Себу и основал там миссию и крепость, а 1 июня отплыл обратно. Обратное плавание в высоких широтах (с отклонением на север к 36 широте) позволило Урданете, в отличие от своих предшественников, избежать тайфунов и при благоприятном ветре вернуться в порт Акапулько 8 октября 1565 года, преодолев порядка 20 000 километров за 130 дней.
По причине отсутствия припасов для неожиданно долгого плавания команда вернулась в Новую Испанию в крайнем истощении, шестнадцать моряков умерли в пути. Урданета посетил Испанию для доклада о своём успехе и письменно изложил инструкции для будущих путешественников к филиппинским берегам.
На протяжении нескольких столетий сообщение Филиппин с Европой осуществлялось почти исключительно по маршруту Урданеты. По нему же ежегодно курсировал галеон Акапулько-Манила.
Несмотря на признание полученное Урданетой, первым вернулся в Новую Испанию через северные широты другой участник экспедиции
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] (исп. Alonso de Arellano), под командой которого был один из четырех кораблей — «Сан-Лукас». На подходе к Филиппинским островам он без приказа оставил остальные корабли позади и впоследствии с ними не воссоединился. «Сан-Лукас» начал возвращение 22 апреля и бросил якорь в порту Навидад 9 августа 1565 года, прибыв на два месяца раньше корабля Урданеты. Арельяно удалось пересечь океан на двадцать дней быстрее, проведя большую часть пути между 40° и 43° с.ш. Учитывая обстоятельства связанные с подозрением Арельяно в дезертирстве, ожидаемого вознаграждения и признания он не получил.