Весной 1832 года Акимов вернулся в Россию. В качестве экзамена адмирал А.С. Грейг поручил ему построить 18-пушечный бриг "Фемистокл" по чертежу знаменитого
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. 21 октября 1832 года корабль был заложен в Николаевском адмиралтействе и 6 сентября 1833 года спустил его на воду. 24 декабря 1833 года Акимов в Главном адмиралтействе Николаева заложил 84-пушечный линейный корабль "Силистрия", который был спущен на воду 11 ноября 1835 года.
В 1834 году Акимов был произведён в штабс-капитаны, а в 1835 году получил чин капитана. 29 декабря 1835 года заложил 18-пушечный парусный корвет "Орест".
В 1837 году Акимов был направлен в Одессу, где являлся наблюдающим за постройкой парохода "Митридат". 29 мая 1837 года завершил постройку и спустил на воду адмиральскую яхту "Орианда", которая в августе 1848 года отправилась из Николаева вокруг Европы в Кронштадт, где победила в императорских парусных гонках. 24 ноября 1837 года в Николаевском адмиралтействе заложил 44-пушечный парусный фрегат "Флора".
28 августа 1838 года в Спасском адмиралтействе Николаева Акимов заложил два 84-пушечных линейных корабля "Гавриил" и "Уриил", которые вошли в состав Черноморского флота и участвовали в Крымской войне 1853—1856 годов. В день спуска "Уриила" Акимов заложил 44-пушечный фрегат "Кагул", который построил и спустил на воду 17 сентября 1843 года. Корабль участвовал в Крымской войне 1853—1856 годов, в том числе в
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться]. 13 февраля 1855 года затоплен на Севастопольском рейде между Михайловской и Николаевской батареями.
3 марта 1841 года в Севастопольском адмиралтействе Акимов заложил 52-пушечный корабль "Коварна". 18 марта 1844 года Акимов приступил к строительству 60-пушечного фрегата "Кулевчи" и трёх 10-пушечных тендеров "Проворный", "Поспешный" и "Скорый". В 1846 году Акимов был произведён в подполковники Корпуса корабельных инженеров. В 1849 году заложил два транспорта "Портица" и "Балаклава", которые спустил в 1850 году. В 1852 году Акимов был командирован в Севастополь, где возглавил ремонт и постройку судов. Во время обороны Севастополя ремонтировал и поднимал затонувшие суда, подготовил корабли к Синопскому сражению и затем отремонтировал повреждённые суда. В 1854 году построил наплавной мост в Севастополе с Южной на Северную сторону. Участвовал в обороне Севастополя в составе гарнизона города. В 1855 года по болезни вернулся в Николаев, а затем построил мост через Днепр у Берислава для переправы русских войск.
В 1855 году Акимов был произведён в полковники и назначен инспектором кораблестроительных работ Николаевского порта. В 1855 году организовал срочную постройку первого наплавного моста через Бугский лиман между Спасском и Варваровкой длиной около 880 метров. Мост имевший важное стратегическое значение просуществовал более 100 лет. В 1855 году Акимов приступил к достройке первого винтового парового 135-пушечного линейного корабля Черноморского флота "Босфор" (переименован 30 марта 1856 года в "Синоп"), который строился в в Спасском адмиралтействе в Николаеве с октября 1852 года строителем С.И. Чернявским, в 1855 году переведённым в Санкт-Петербург. Корабль, спущенный на воду 26 сентября 1858 года, имел паровую машину мощностью 800 номинальных л.с., которая позволяла развивать скорость 11 узлов. 7 апреля 1856 года полковник Акимов был награждён
орденом Святого Георгия IV класса (No 9904) за выслугу лет.
С 1857 по 1860 годы построил парусно-винтовые 9-пушечные корветы "Ястреб", "Сокол" и 9-пушечный "Кречет" и парусно-винтовые шхуны "Четырдах" и "Алушта". За постройку судов и мостов, а также как участник обороны Севастополя и Николаева Акимов был награждён
пятью орденами, двумя медалями и знаком беспорочной службы за 30 лет. 23 января 1861 года был уволен в отставку с чином генерал-майора.
Умер Акимов Алексей Семёнович в Николаеве после 1861 года.